Tiền thân của Hội đồng Lý luận Trung ương là Ban Nghiên cứu lý luận được thành lập theo Nghị quyết số 131-NQ/TW ngày 28/12/1965 của Bộ Chính trị.

Ngày 28/5/1974, Bộ Chính trị đã ra Nghị quyết số 233-NQ/TW về tổ chức và chương trình hoạt động của Ban Nghiên cứu lý luận.

Ngày 20/11/1980, Bộ Chính trị ra Nghị quyết số 32-NQ/TW về việc thành lập Viện Mác - Lê-nin thay cho Ban Nghiên cứu lý luận. Ngày 5/5/1992, Ban Bí thư ban hành Quyết định số 29-QĐ/TW đổi tên Viện Mác - Lê-nin thành Viện Nghiên cứu chủ nghĩa Mác - Lê-nin và tư tưởng Hồ Chí Minh; sau đó đã sáp nhập Viện vào Học viện Chính trị quốc gia Hồ Chí Minh.

Ngày 30/10/1996, Bộ Chính trị đã ban hành Quyết định số 06-QĐ/TW thành lập Hội đồng Lý luận Trung ương.